La finalidad de la educación indígena era instruirlos en la fe católica. Se impartía en el idioma nativo, era dada por los frailes criollos y sus ayudantes indígenas. Se promovía el establecimiento de escuelas de castellano, sin embargo los indios se oponían a la obligación de financiar la escuela con los fondos comunales y se resistían a enviar a sus hijos para aprender una lengua que consideraban extraña y difícil. Aunque no había un entusiasmo por parte de los indios, se contaba con 286 escuelas en 76 pueblos, algunas de estas escuelas enseñaban a leer y a escribir, además de la doctrina cristiana.
El arzobispo Lorenzana ordenó la enseñanza del español sino que propuso desterrar los idiomas indígenas. Debido a la expulsión de casi 500 jesuitas, se cerraron varios colegios en 21 ciudades.
Además de lo que se impartía en 4 ciudades se ofrecían cursos avanzados al nivel universitario. Muchos jóvenes jesuitas querían reforzar los estudios de historia y de las culturas prehispánicas y promover el método experimental en las ciencias. Esto se aprobó y se llevo a cabo en forma de academias.
Desde el siglo XVI en las ciudades novohispanas, se enseño a leer, escribir, etc. Había 34 sitios designados para escuelas particulares, los niños asistían gratuitamente a estas. Después de esto una terrible hambruna y peste azoto el altiplano y causo miles de muertes y el traslado de muchas familias a la ciudad. Esto dio paso a que muchos jóvenes estuvieran de vagabundos, y el ayuntamiento ordeno que se establecieran escuelas gratuitas de doctrina cristiana y de lectura. Este fue un gran cambio en la estructura educativa del país. El poder civil ejercía supervisión sobre la educación y hacia cumplirlas ordenanzas de los maestros particulares.
La enseñanza que recibían las niñas era rudimentaria (la doctrina cristiana, labores de costura, lectura y muy pocas veces la escritura).
Respecto a las prácticas pedagógicas de la época prescríbian que se enseñara primero a leer y que no sólo después de adquirida esta capacidad se instruyera en la escritura y la aritmética. Los maestros de México se interesaban en las innovaciones pedagógicas introducidas por el español Francisco Xavier Santiago Palomares, el le daba menos importancia al deletreo y recomendaba pronunciar sílabas sin deletrear ni nombrar las letras. Tuvo una influencia muy notable respecto a la escritura.
En la escuela de cirugía se propuso que se practicaran disecciones del cuerpo humano, el rey reviso este proyecto y ordeno establecer una academia de anatomía y nombró a dos peninsulares como cirujano y director. La enseñanza impartida en esta escuela era más avanzada que la instrucción médica ofrecida en la Universidad.
Se aprobó la apertura de una academia de pintura con 300 alumnos. Carlos III expidió la real cédula para estableces estudios de pintura, escultura y arquitectura en la Academia de Bellas Artes de San Carlos. Muchos profesores españoles reemplazaron a los mexicanos, los cuales fueron empleados como ayudantes.
Esta academia promovió el estilo neoclásico frente al barroco novohispano que estaba en auge. En la década de los noventa la calidad de la enseñanza mejoró notablemente con la llegada de España de Manuel de Tolsá y Rafael Ximeno y Planes, como directores de arquitectura y pintura. Gracias a esto el número de alumnos aumento, la mayoría en dibujo y matemáticas.
Un joven recién llegado a México propuso establecer una cátedra de botánica y un jardín con la idea de remediar “ la falta de conocimientos botánicos en este Reino”. Para el funcionamiento del jardín llegaron durante febrero unas instrucciones que indicaban que el método que se debía seguir para la clasificación de las plantas debía ser el sistema sueco Carlos Linneo. Se usaría nomenclatura binaria de Linneo. En agosto finalmente se decidió administrar a los botánicos el juramento como catedráticos.
En cuanto a la minería se abrió en 1792. El plan de estudios era de cuatro años de clases y dos de práctica en las minas. En 1795 el Francés Andrés del Río comenzó el curso de mineralogía y preparó el texto Elementos de Orictognosia sobre los fósiles y minerales. Este se convirtió en el centro académico mas importante en la Nueva España para la enseñanza científica.
